現在の JavaScript はダイナミックインポートが可能。
下記ページで Chrome や Safari で動くと解りますね。

全モダンブラウザで使えるJavaScriptのdynamic import（動的読み込み） – Qiita

GNOME の Gjs は imports 関数があるので関係ないんだけど。
そういえば macOS の JXA はファイル分割ができないのが困る。
コレを利用してクラス毎に分割できるかな。

#!/usr/bin/osascript

import('./sub.js')
	.then((module) => {
        console.log('Start!');
		const sub = new module.Sub();
        sub.subMethod();
	});

main.js

export class Sub {
    subMethod() {
        console.log('this is Sub Class Method');
    }
}

sub.js

なんでだよ！
Promise だと認識はしているけど動作しないってことみたい。
JavaScriptCore が全部やってくれるってわけじゃないんかい。

Gjs でも同じかな？
console.log を print に書き換えて実験。

#!/usr/bin/gjs

import('./sub.js')
	.then((module) => {
		const sub = new module.Sub();
        sub.subMethod(); 
	});

main.js

export class Sub {
    constructor(app) {
        print('Hello');
    }
    subMethod() {
        print("this is Sub Class Method");
    }
}

動いたのでコンストラクタも入れてみた、普通に Class ですね。
いや Gjs は imports を使ったほうが簡単ですけど。
というか、Apple は内製スクリプトには本当にヤル気が無いなって。