GIOChannel はファイルディスクリプタという UNIX 系の昔ながらの入出力
Gio は gvfs にて仮想化による柔軟な入出力、という認識でいいようです
JavaScript 文字列と UTF-8 文字列は全自動で相互変換される

#!/usr/bin/gjs

const GLib = imports.gi.GLib;

// ファイルディスクリプタの stdin=0 にアクセス
let channel = GLib.IOChannel.unix_new(0);
// プロンプトの表示
channel.write_chars('何か入力してください > ', -1);
// フラッシュしないと反映されない、close は非推奨
channel.flush();

// ファイルディスクリプタの stdout=1 にアクセス
let channel2 = GLib.IOChannel.unix_new(1);
// stdout のデータを読み込む
let [status, str_return] = channel2.read_line();
// 行末の \n を取り除く
let s = str_return.trimEnd();
print(`[${s}] が入力されました`);

// 抜けると自動破棄されるけど必要なら以下を
//channel.shutdown(true);
//channel2.shutdown(true);

一揆に読み込むとやはり Uint8Array で戻ってきます
一行毎に読み込みすればそのまま JavaScript 文字列として扱える

#!/usr/bin/gjs

const GLib = imports.gi.GLib;
const ByteArray = imports.byteArray;

let s = 'abcdefg\nあいうえお\n3行目';

let channel = GLib.IOChannel.new_file('output.txt', 'w');
channel.write_chars(s, -1);
channel.shutdown(true);

let channel2 = GLib.IOChannel.new_file('output.txt', 'r');
// 全部読み込む場合は配列で戻ってくる、ByteArray 必須
let [status, str_return] = channel2.read_to_end();
print(ByteArray.toString(str_return));
// 一行毎に処理の場合は js 文字列で戻ってくる、統一してよ...
/*
for (;;) {
	let [status, str_return] = channel2.read_line();
	if (status == GLib.IOStatus.EOF)
		break;
	// 行末の \n を取り除く
	print(str_return.trimEnd());
}*/
channel2.shutdown(true);

標準入力に値があるかどうかで見分けられます

#!/usr/bin/gjs
 
const GLib = imports.gi.GLib;
 
// stdin=0 stdout=1 
let channel = GLib.IOChannel.unix_new(0);
 
if (channel.get_flags() == GLib.IOFlags.IS_READABLE) {
    /* --  Pipe -- */
    let [status, str_return] = channel.read_to_end();
    // toString が必要
    let s = str_return.toString().slice(0, -1);
    print(`[${s}] がパイプから渡されました`);
} else {
    /* -- stdin -- */
    print('パイプから渡してください');
}